生物技术通报 BIOTECHNOLOGY BULLETIN

・研究报告・

2007 年第 1 期

斜茎黄芪根瘤菌谷氨酰胺合成酶基因多样性研究 高俊莲 1, 2 1



北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心, 北京 3



孙建光 3

要:

陈文新 2

100089 ; 2 中 国 农 业 大 学 生 物 学 院 , 北 京

中国农业科学院农业资源与农业区划研究所, 北京

100094 ;

100081)

研究了 22 株代表性斜茎黄芪根瘤菌的谷氨酰胺合成酶基因多样性。首先对供试菌株进行了谷氨酰胺合成

酶 glnA 和 glnII 基因扩增, 结果显示从来自 Mesorhizobium 和 Rhizobium 属的多数代表菌株都可以扩增到约 1kp、大小一致的

glnA 基因产物, 而从 Agrobacterium sp.的 4 株代表菌株未能得到 glnA PCR 扩增产物。基因 glnII 的扩增结果显示几乎从所 有测试菌株都能够得到基因产物, 来自 Mesorhizobium septentrionale、 M. 到了单一的、大小约 400bp~500bp 的 glnII

temperatum 和 Mesorhizobium spp.

的代表菌株都得

PCR 扩增产物, 而从 Agrobacterium sp.的 4 株代表菌株扩增得到的 glnII

PCR

扩增产物明显不同于其它斜茎黄芪根瘤菌代表菌, 它们都有一条约 1 kb 的特征 PCR 扩增产物条带, SDW052 和 R 084 还 出现了另外 2~3 个扩增产物条带。此外, 基因 glnA 的 R FLP 分析结果与我们先前的 16S rR NA 基因分析结果具有很好的 一致性, 这些结果都进一步证实了这些根瘤菌的染色体基因多样性。 关键词:

斜茎黄芪根瘤菌

谷氨酰胺合成酶基因

PCR -R FLP 基因多样性

Genetic Diver sity of Glutamine Synthetase of Rhizobia Isolated fr om Astragalus Adsurgens Gao Junlian1, 2 Sun Jianguang3 Chen Wenxin2 ( 1Beijing Agro-Biotechnology Research Center , Beijing Academy of Agriculture and Forestry Science, Beijing 100089 ;

China Agricultural University, Beijing 100094 ; 3Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081)



Abs tra ct :

Genetic diversity of glutamine synthetase ( GS) were examined with 22 representative rhizobial strains

isolated from Astragalus adsurgens growing in north of China. PCR amplification of glnA and glnII genes coding glutamine synthetase were performed respectively with the rhizobial strains. R esults indicated a glnA PCR product about 1kb could be obtained with most representative strains of Mesorhizobium and Rhizobium, but no glnA PCR product was obtained with the strains of Agrobacterium spp. About glnII, a PCR product of 400bp to 500bp could be obtained with nearly all the tested strains of Mesorhizobium septentrionale, M. temperatum and Mesorhizobium spp. In addition , the patterns of glnII PCR products with strains of Agrobacterium spp. were quite different , they had a special 1kb glnII PCR product. And the pattern with strain SDW052 and R 084 had 2 to 3 additional glnII PCR products besides the common 1kb glnII PCR product. These results support our previous 16S rR NA analysis, further confirm the chromosomal genetic diversity of rhizobia from Astragalus adsurgens. Ke y words :

Astragalus adsurgens Glutamine synthetase PCR -R FLP Genetic diversity

谷 氨 酰 胺 合 成 酶 ( GS, glutamine synthetase ; EC6.3.1.2 ) 是 生 物 体 中 广 泛 存 在 的 酶 , 它 参 与 了 细 菌 和 真 核 生 物 的 碳 氮 代 谢 。 氮 同 化 作 用 是 生 物 体 维 持 生 命 所 必 需 的 , 而 GS 酶 是 氮 同 化 过 程 中 的 一 个 关 键 酶 , 是 生 物 体 必 不 可 少 的 重 要 酶 类 。 它 的 功 能 是 催 化 依 赖 ATP 的 从 谷 氨 酸 和 铵 盐 ( ammonium) 合 成 谷 氨 酰 胺 的 反 应 , GS 酶 具 有 功 能 保 守 性 , 人 们 推 测 编 码 谷 氨 酰 胺 合 成 的 基 因 极 其 古 老 , 它 的 进 化 史 可 追 溯 到 生 命 起 源 的 收稿日期: 2006-07-27 基金项目: 国家自然科学基金、北京市自然科学基金、教育部留学回国人员基金资助 作者简介: 高俊莲 , 女 , 博士 , 副研究员 ;研究方向: 微生物资源及其系统发育 通讯作者: 孙建光, 男, 博士, 副研究员

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时 代 。目 前 根 据 GS 酶 氨 基 酸 序 列 的 同 源 性 可 将 其 分 为 三 大 类 , 即 GS I 、GS II 和 GS III 。GS I 主 要 存 在 于 原 核 生 物 中 , GS II 主 要 分 布 于 真 核 生 物 和 少 量 细 菌 如 根 瘤 菌 和 放 线 菌 中 , GS III 与 前 两 类 差 异 较 大 , 仅 在 少量的细菌中有发现。 目 前 在 根 瘤 菌 科 中 发 现 了 两 种 形 式 的 GS 酶 , 即 GS I 和 GS II , GS I 由 glnA 基 因 编 码 , GS II 由 glnII 基 因 编 码 。 据 报 道 , 对 同 一 种 细 菌 而 言 glnA 的 系 统 发 育 与 16S rDNA 的 系 统 发 育 具 有 普 遍 的 一 致 性 , 而

glnII 的 系 统 发 育 与 16S rDNA 的 系 统 发 育 则 往 往 不 一 致 。 研 究 表 明 斜 茎 黄 芪 根 瘤 菌 表 现 出 了 极 大 的 表 型 性 状 多 样 性 和 遗 传 多 样 性 , 在 此 研 究 基 础 上 , 选 取 部 分 斜 茎 黄 芪 根 瘤 菌 的 代 表 菌 株 进 行 了 GS 酶 的 基 因 多 样性研究。

l 1.1

材料和方法 菌株及培养条件 基 于 先 前 的 研 究 工 作 , 选 取 了 22 株 代 表 性 斜 茎 黄 芪 根 瘤 菌 菌 株 进 行 研 究 , 菌 株 详 细 信 息 见 表 1 。菌 株

培 养 用 TY 培 养 基 或 YMA 培 养 基 [1], 培 养 温 度 28℃。 表1

菌 株 来 源 及 GS 酶 基 因 多 样 性 结 果

注 : ND : 未 测 定 + : 有 PCR 扩 增 产 物 - : 无 PCR 扩 增 产 物 ++ : 多 条 PCR 扩 增 产 物 带 。 16S rDNA PCR-RFLP 遗 传 型 数 据 引 自 前 期 工 作 [2]

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1.2

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菌 株 DNA 提 取 菌 株 总 DNA 的 提 取 方 法 同 文 献 [3]。

l.3

谷 氨 酰 胺 合 成 酶 基 因 glnA 和 glnII 的 PCR 扩 增 扩 增 glnA 基 因 的 正 向 引 物 为 GSI-5 , 5′ -GCAAGCTGCAGCAYGTGACG -3′, 反 向 引 物 为 GSI-6 , 5′-

; 扩 增 glnII 基 因 的 正 向 引 物 为 GSII-3 , 5′ , GTCGAGGCCGGCCATCAGCA -3′ -AGRTYTTCGGCAAGGGYTC-3′ 反 向 引 物 为 GSII-4 , 5′ 。 PCR 反 应 条 件 同 文 献 [4]。 -GCGAACGATCTGGTAGGGGT-3′

1.4

基 因 glnA 产 物 的 限 制 性 酶 切 分 析 采 用 Hinf I 和 HapII 两 种 限 制 性 内 切 酶 对 glnA PCR 扩 增 产 物 进 行 酶 切 分 析 。 10!l 反 应 体 系 含 glnA

产 物 2~9!l , 限 制 性 内 切 酶 5U, 10 倍 反 应 缓 冲 液 1!l 。 37℃酶 切 1h , 在 3% 琼 脂 糖 凝 胶 、80~100V 电 压 下 电 泳 2~3h , 经 溴 化 乙 啶 染 色 后 在 紫 外 凝 胶 成 像 仪 中 检 查 酶 切 产 物 。

2 2.1

结果与讨论 谷 氨 酰 胺 合 成 酶 基 因 glnA 和 glnII 的 PCR 扩 增 如 图 1 所 示 , 采 用 引 物 GSI-5/GSI-6 对 22 株 代 表

性 斜 茎 黄 芪 根 瘤 菌 进 行 的 glnA 基 因 扩 增 , 大 多 数 测 试 菌 株 都 得 到 了 略 大 于 1kp 、 大 小 一 致 PCR 产 物 , 来 自

Mesorhizobium septentrionale 的 4 株 代 表 菌 株 SDW014 、 SDW037 、SDW068 和 SDW072 都 得 到 了 glnA PCR 扩 增 产 物 ; 来 自 M. temperatum 的 3 株 代 表 菌 中 有 2 株 测 试 菌 株 SDW018 和 SDW0039 得 到 了 glnA 扩 增 产 物 ; 而 来 自 Agrobacterium sp. 的 4 株 代 表 菌 株 SDW052 、

SDW053 、R084 和 SDW070 没 有 得 到 任 何 PCR 扩 增 产 物 。来 自 Mesorhizobium spp. 和 Rhizobium spp. 群 的 大 多 数 代 表 菌 株 都 得 到 了 glnA PCR 扩 增 产 物 , 但 也 有 部

图1

采 用 引 物 GS I-5/GS I-6 得 到 的 glnA 基 因 扩 增 产 物

1, SDW014; 2, SDW037; 3, SDW072; 4, SDW068; 5, SDW018; 6, SDW0039; 7, SDW0023; 8, NM026; 9, SDW052; 10, SDW053; 11, R084; 12, SDW070; 13, SDW010; 14, SDW017; 15, SDW040; 16, X59; 17, SDW058; 18, SX211 - a; 19, NM349; 20, SDW045; 21, SX251-a; 23, negative control; .M, 100bp DNA ladder

分 代 表 菌 株 没 有 得 到 任 何 PCR 扩 增 产 物 。据 文 献 报 道 谷 氨 酰 胺 合 成 酶 GS I 主 要 存 在 于 原 核 生 物 中 , 并 且 广 泛地存在于根瘤菌科, 本研究中部分斜茎黄芪根瘤菌 的 代 表 菌 株 没 有 得 到 glnA PCR 扩 增 产 物 , 可 能 的 原 因 是由于测试菌株本身的遗传特异性, 也可能与引物

GSI-5/GSI-6 的 通 用 性 有 关 , 需 要 进 一 步 研 究 。 采 用 引 物 GSII-3/GSII-4 对 22 株 代 表 性 斜 茎 黄 芪 根 瘤 菌 进 行 的 glnII PCR 扩 增 结 果 表 明 ,

除菌株

SDW026 外 几 乎 所 有 测 试 菌 株 都 得 到 了 glnII 基 因 扩 增 产 物 ( 图 2) ,

来 自 Mesorhizobium septentrionale 、M.

temperatum 和 Mesorhizobium spp. 的 代 表 菌 株 都 得 到 了 大 小 约 400bp  ̄500bp 、单 一 条 带 的 glnII 基 因 ; 而 来 自 Agrobacterium sp. 的 4 株 代 表 菌 株 SDW052 、

SDW053 、R084 、SDW070 的 glnII 基 因 扩 增 产 物 明 显 不 同于上述斜茎黄芪根瘤菌代表菌的扩增产物, 除了共 有 的 一 条 大 小 约 1kb 的 特 征 条 带 外 , SDW052 和 R084 都 有 2 ~3 个 glnII 扩 增 产 物 条 带 。 此 外 , 来 自

Rhizobium spp. 的 代 表 菌 株 中 有 2 株 菌 X59 和 SX251a 的 PCR 扩 增 产 物 条 带 也 很 特 别 , X59 有 3 条 PCR 扩

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增 产 物 条 带 , SX251a 有 4 个 产 物 条 带 , 但 只 有 其 中 一 条 为 主 要 条 带 , 其 余 3 个 条 带 较 弱 。 文 献 报 道 谷 氨 酰 胺 合 成 酶 GS II 主 要 分 布 于 真 核 生 物 和 少 数 细 菌 如 根 瘤 菌 和 放 线 菌 中 , 本 研 究 中 有 部 分 斜 茎 黄 芪 根 瘤 菌 的 代 表 菌 株 得 到 多 个 条 带 的 glnII PCR 扩 增 产 物 , 这 个 结 果 预 示 着 在 这 些 菌 株 中 存 在 多 拷 贝 的 glnII 基 因 。

2.2

基 因 glnA PCR -R FLP 分 析 据 报 道 根 瘤 菌 glnA 基 因 的 系 统 发 育 与 其 16S rDNA 的 系 统 发 育 有 一 致 性 , 而 glnII 基 因 的 系 统 发 育 与

16S rDNA 的 系 统 发 育 则 往 往 不 一 致 [4]。 因 此 , 我 们 对 glnA 基 因 的 PCR 扩 增 产 物 进 行 了 RFLP 分 析 。 结 果 表 明 , 测 试 菌 株 的 glnA 基 因 产 物 经 限 制 性 内 切 酶 Hinf I 和 HapII 酶 切 后 分 别 得 出 6 种 和 4 种 不 同 的 酶 切 图 谱 ( 图 3 ) 。 这 样 具 有 glnA 基 因 产 物 的 13 株 被 测 菌 株 经 酶 切 分 析 后 得 到 了 8 种 不 同 的 组 合 图 谱 类 型 , 我 们 把 每 一 种 组 合 称 为 一 个 glnA 遗 传 图 谱 类 型 ( 表 2 ) 。

结果表明 13 株测试菌株具有 8 个 glnA PCR-RFLP 遗传图谱类型, 进一步显示了斜茎 黄芪根瘤菌染色体 基因存在极大的多样 性。研究结果表明来自 Mesorhizobium septentrionale 的 4 个代表菌株, 具有 2 种不同的

glnA 遗 传 图 谱 类 型 ; 来 自 M.temperatum 的 3 个 代 表 菌 株 具 有 2 个 glnA 遗 传 图 谱 类 型 ( 表 1 ) , 与 我 们 先 前 的 16S rDNA PCR-RFLP 分 析结果 具 有 很 好 的 一 致 性 [2], 这 一 研 究 结 果 进 一 步 证 实 了 以 前 的 研 究 结 论 , 即 斜 茎 黄 芪根瘤菌 Mesorhizobium septentrionale 和 M.temperatum 在染色体基因遗传图谱类型上具有很高的相关性 [2]。 此 外 , 本 研 究 组 还 对 具 有 不 同 glnA PCR-RFLP 遗 传 图 谱 类 型 的 菌 株 进 行 了 进 一 步 的 glnA 部 分 序 列 分 析 , 结 果 表 明 来 自 Mesorhizobium 属 的 代 表 菌 株 都 聚 在 Mesorhizobium 系 统 发 育 分 支 内 , M.temperatum 的 模 式 菌 株 SDW018 与 Mesorhizobium mediterraneum 聚 在 一 起 ; Mesorhizobium septentrionale 的 2 个 代 表 菌 株

SDW014 和 SDW037 单 独 聚 在 一 起 , 它 们 和 Mesorhizobium 已 知 各 种 的 模 式 菌 株 glnA 部 分 序 列 相 似 性 都 不 大 ; 而 来 自 Rhizobium 属 的 代 表 菌 株 SDW058 和 SX211a 都 聚 在 Rhizobium-Agrobacterium 系 统 发 育 分 支 内 , 但 是 它 们 和 该 分 支 内 已 知 各 种 的 模 式 菌 株 glnA 部 分 序 列 相 似 性 不 大 [5], 这 与 我 们 16S rDNA 部 分 序 列 的 分 析 结 果 具 有 很 好 的 一 致 性 [2], 所 有 这 些 结 果 都 进 一 步 从 更 深 入 的 层 次 上 揭 示 了 根 瘤 菌 的 遗 传 多 样 性 。 参 考 文 献



Zhang XX, Turner SL, Guo XW, et al. Appl Env Microbiol , 2000 , 66( 7) : 2988~2995.



Gao JL, Terefework ZD, Chen WX & Lindstrom K. J Biotechnol , 2001 , 91 : 155~168.



Ma QS, Johnston A, Hombrecher G, Downie JA. Mol Gen Genet , 1982 , 187 : 166~171.



Turner SL & Young JP. Mol Biol Evol , 2000 , 17 : 309~319.



Gao JL, Turner SL, Kan F , et al. Int J Syst Evol Microbiol , 2004 , 54 : 2003~2012.

Doc\GoodPaper-170.pdf

关键词: 斜茎黄芪根瘤菌 谷氨酰胺合成酶基因 PCR-RFLP 基因多样性. Genetic Diversity of Glutamine Synthetase of Rhizobia Isolated. from Astragalus Adsurgens.

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