Oleh: Yuant Tiandho

Pengukuran Hasil Mikroskopi dengan ImageJ (Metode Manual) Secara umum untuk mengukur ukuran hasil mikroskopi menggunakan imageJ dapat dilakukan secara otomatis dan manual. Namun, dalam uraian kali ini akan dijabarkan metode pengukuran manual. Keunggulan metode manual dibandingkan otomatis adalah dapat dilakukan pemilihan sampel yang akan diukur serta dapat digunakan untuk sampel mikroskopi dengan bentuk yang kurang teratur. Tapi kelemahannya tentu saja, metode ini membutuhkan waktu dan tenaga yang lebih besar dibandingkan metode otomatis. Untuk mengukur ukuran sampel menggunakan ImageJ dibutuhkan hasil mikroskopi berupa gambar dalam berbagai macam format seperti: JPEG, JPG, GIF dan sebagainya. Setelah itu buka aplikasi ImageJ sehingga muncul tampilan seperti di bawah:

Gambar 1. Tampilan Image J Setelah terbuka maka dilakukan langkah-langkah sebagai berikut: 1.

Buka gambar yang ingin dianalisis Klik File → Open (Ctrl+O) → Pilih gambar yang ingin diukur (sesuaikan folder penyimpanan). Sebagai contoh, di bawah kami membuka gambar Staphylococcus aureus yang gambarnya kami peroleh dari situs Nanotech-New.

Gambar 2. Tampilan gambar yang akan di analisis. Dunia Fisika http://yuanttiandho.tk

Oleh: Yuant Tiandho 2.

Definisikan skala Mendefinisikan skala adalah hal yang sangat penting dalam proses pengukuran. Hal ini dapat dilakukan dengan cara membuat garis pada “garis skala” sebagai berikut: a. Membuat garis gunakan menu

yang terdapat dalam jajaran menu

b. Buat garis dengan cara klik kiri dan tahan sampai diperoleh panjang yang diinginkan. Sangat disarankan untuk membuat garis di atas “garis skala” seperti pada Gambar berikut:

Gambar 3. Pembuatan garis definisi skala Ingat: Hati-hati dalam pembuatan garis. Pastikan garis tersebut lurus atau sesuai dengan garis skala karena kesalahan disini akan mengakibatkan ketidakakurasian pada proses selanjutnya!

Dunia Fisika http://yuanttiandho.tk

Oleh: Yuant Tiandho

c. Definisikan garis tersebut sebagai skala dengan cara klik menu Analyze → Set Scale

Gambar 4. Menu “Set scale” d. Pada bagian “Set Scale” akan muncul tampilan seperti di bawah. Isikan jarak skala pada “Known Distance” (misal pada gambar ini adalah 2 (cek garis skala di atas)). Setelah itu satuan pada “Unit of length” (misal pada gambar ini adalah micrometer (cek garis skala di atas)). Setelah itu, jika skala ini akan digunakan dalam proses selanjutnya checklist menu “Global” tetapi jika tidak ya tidak dichecklist tak apa-apa. Setelah selesai klik “OK”.

Gambar 5. Isian “Set scale” Dunia Fisika http://yuanttiandho.tk

Oleh: Yuant Tiandho 3.

Buat garis/daerah yang ingin diukur a. Apabila ingin dilakukan pengukuran panjang dapat dilakukan dengan menu tetapi apabila ingin dilakukan pengukuran luas (area) dapat dilakukan dengan menu yang merupakan bidang seperti

. Pilihlah bentuk sesuai daerah

yang ingin dianalisis. Apabila daerahnya tidak teratur lebih baik pilih menu . b. Apabila ingin dilakukan pengukuran panjang (misal ukuran diameter) setelah menu buat garis dengan cara klik kiri dan sesuaikan dengan panjang yang ingin di ukur. Perhatikan garis kuning pada gambar di bawah.

Gambar 6. Pengukuran diameter (panjang) c. Apabila ingin dilakukan pengukuran luas (area) dan digunakan menu , klik kiri dan gambar (ikuti pola) daerah yang ingin diketahui luasnya. Perhatikan garis kuning pada gambar di bawah.

Gambar 7. Pengukuran luas (area) 4.

Pengukuran Untuk melakukan pengukuran baik panjang maupun luas dapat dilakukan dengan cara pilih menu Analyze → Measure atau dengan shortcut CTRL+M.

Gambar 8. Menu Measure Dunia Fisika http://yuanttiandho.tk

Oleh: Yuant Tiandho Adapun hasil dari pengukuran tersebut adalah,

Gambar 9. Tampilan hasil pengukuran area 5.

Pemberian Label Sebenarnya pemberian label bersifat opsional tapi ini akan sangat berguna ketika dilakukan pengukuran banyak sampel agar tidak terulang dan agar tampak sampel mana saja yang telah diukur. Pemberian label dapat dilakukan setelah proses pengukuran, kemudian dilanjutkan dengan menu Analyze → Label seperti pada gambar di bawah.

Gambar 10. Menu Label Setelah dilakukan untuk beberapa sampel (jadi tiap kali dilakukan pengukuran satu area di beri label dan seterusnya) maka bentuk label tampak pada gambar berikut,

Gambar 11. Hasil permberian label

Dunia Fisika http://yuanttiandho.tk

Oleh: Yuant Tiandho 6.

Analisis Statistik Analisis ini dilakukan untuk memperoleh data rata-rata, standar deviasi, ukuran maksimum, dan ukuran minimum sampel yang diukur. Hal ini dapat dilakukan dengan memilih menu Analyze → Summarize yang tampak seperti gambar di bawah,

Gambar 12. Menu Summarize Adapun keluaran dari menu ini adalah,

Gambar 13. Hasil dari menu summarize Tampak bahwa pada no. 1 – 5 merupakan luas area dari kelima label sedangkan no. 6 – 9 adalah hasil analisis statistikya. Semakin banyak yang diukur tentunya akan menghasilkan hasil yang semakin baik meskipun itu akan cukup melelahkan. Sekian metode pengukuran hasil mikroskopi dengan menggunakan ImageJ secara manual. Untuk yang metode otomatis akan dibahas lain waktu. Bagi yang belum mempunyai softwarenya dapat unduh di alamat: http://yuanttiandho.blogspot.sg/2015/04/imagej-pengolah-hasil-mikroskopi-optik.html

Dunia Fisika http://yuanttiandho.tk

Oleh: Yuant Tiandho Tambahan: Untuk menyesuaikan hal yang ingin diukur dapat diatur pada menu Analyze → Set Measurement.

Gambar 14. Menu Set Measurement Di dalam menu tersebut akan tampak hal apa yang ingin Anda ukur dan checklist saja,

Gambar 15. Menu variabel yang ingin diukur

Dunia Fisika http://yuanttiandho.tk

Oleh: Yuant Tiandho Sekedar informasi, tampak bahwa tidak terdapat menu pengukuran panjang namun untuk mengukur panjang dapat dilakukan dengan melakukan checklist di bagian “Area” sama seperti dilakukan untuk mengukur luas.

Terima Kasih

Dunia Fisika http://yuanttiandho.tk